มูลนิธิชัยพัฒนาได้สนองพระราชดำริพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ในการจัดสร้างโรงงานต้นแบบในการหีบปาล์มน้ำมันขนาดเล็กตามแนวพระราชดำริ และ โรงงานผลิตไบโอดีเซลครบวงจร ณ โครงการชัยพัฒนา-แม่ฟ้าหลวง ตำบลหนองพลับ อำเภอหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ซึ่งเป็นการพัฒนาต่อเนื่องมาจากการดำเนินงานที่จังหวัดกระบี่ และศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทองอันเนื่องมาจากพระราชดำริ จังหวัดนราธิวาส
นอกจากนี้ มูลนิธิฯ ยังได้จัดทำโครงการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีด้านไบโอดีเซลเพื่อการแข่งขันได้ โครงการวิจัยการทดสอบใช้น้ำมันปาล์มแบบต่างๆ ผสมกับน้ำมันดีเซลในเครื่องยนต์ดีเซลสำหรับการเกษตร และไบโอดีเซลผสมน้ำมันดีเซลในเครื่องยนต์ดีเซลสมัยใหม่สำหรับยานพาหนะ โครงการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีผลิตภัณฑ์จากอุตสาหกรรมปาล์มน้ำมัน และโครงการศึกษาทดลองการปลูกปาล์มน้ำมันพันธุ์ดีในที่ดินของมูลนิธิชัยพัฒนาทั่วประเทศ เพื่อศึกษาหาสายพันธุ์ที่มีความเหมาะสมกับสภาพพื้นที่