วันพฤหัสบดีที่ 20 มิถุนายน 2556 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทอดพระเนตรความก้าวหน้าการดำเนินงานของศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดสระบุรี ของมูลนิธิชัยพัฒนา
ในปีพุทธศักราช 2552 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้ มูลนิธิชัยพัฒนาก่อตั้งศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดเชียงรายขึ้น เพื่อผลิตเมล็ดพันธุ์ผักพื้นบ้านสำหรับพระราชทานราษฎรที่ประสบภัยพิบัติ ต่อมา เมื่อวันที่ 25 กรกฎาคม 2554 ได้ทรงมีกระแสรับสั่งกับนายสุเมธ ตันติเวชกุล เลขาธิการมูลนิธิชัยพัฒนา ให้มูลนิธิชัยพัฒนาดำเนินการผลิตพันธุ์พืชไร่ เพื่อพระราชทานราษฎรที่ประสบภัยพิบัติ สำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนาจึงได้จัดตั้งศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดสระบุรี ขึ้นบนที่ดินของมูลนิธิชัยพัฒนา ตำบลเขาดินพัฒนา อำเภอเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสระบุรี มีพื้นที่ประมาณ 200 ไร่
นอกจากนี้ สำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนายังได้มอบหมายให้ ศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดสระบุรี จัดหาเครื่องจักรและเครื่องมืออุปกรณ์ในการช่วยเหลือและฟื้นฟูพื้นที่ประสบภัยพิบัติ ซึ่งหลังจากที่ประเทศไทยได้ประสบอุทกภัยครั้งใหญ่ในปี พ.ศ.2554 ราษฎรได้รับผลกระทบจากน้ำท่วมขังเป็นระยะเวลานาน บ้านเรือนและพื้นที่การเกษตรถูกน้ำท่วมจนราษฎรไม่สามารถใช้ชีวิตประจำวันได้ดังปกติ บริษัท เชลล์แห่งประเทศไทย จำกัด ได้มอบเงินจำนวน 31,000,000 บาท แก่มูลนิธิชัยพัฒนา เพื่อเข้าร่วมโครงการช่วยเหลือและฟื้นฟูผู้ประสบภัยน้ำท่วมของมูลนิธิชัยพัฒนา ทั้งนี้ บริษัทเชลล์แห่งประเทศไทย จำกัด ได้เห็นพ้องกับมูลนิธิชัยพัฒนาที่จะนำเงินส่วนหนึ่งมาจัดซื้อเครื่องจักรและเครื่องมืออุปกรณ์ในการช่วยเหลือและฟื้นฟูพื้นที่ประสบภัยพิบัติ เพื่อให้การทำงานของมูลนิธิชัยพัฒนามีความคล่องตัว สามารถปฏิบัติงานได้อย่างมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
มูลนิธิชัยพัฒนา ได้ดำเนินงานสนองพระราชดำริของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ในการผลิตเมล็ดพันธุ์พืชอาหารที่มีความจำเป็นต่อการดำรงชีพในชีวิตประจำวันที่มีคุณภาพดีรวบรวมและสะสมเพื่อให้เกษตรกรมีพันธุ์พืชที่ดี แม้ไม่ใช่พันธุ์ที่ดีที่สุดในเชิงเศรษฐกิจ แต่จะเป็นพันธุ์ที่ดีมีคุณภาพเพียงพอ ที่สามารถสร้างผลผลิตที่มีคุณภาพให้กับครัวเรือน สร้างความแข็งแรงมั่นคงให้เกิดขึ้นกับตนเองและครอบครัวได้อย่างยั่งยืน ดังพระราชดำรัสที่รับสั่ง ณ วังสระปทุม เมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม 2552 ความว่า
“ปัจจัยสำคัญของการเกษตร นอกจากจะเป็นเรื่องน้ำและดินแล้ว การมีพันธุ์พืชที่ดีให้เกษตรกรปลูก เป็นเรื่องที่สำคัญมาก อีกอย่างหนึ่งก็คือ การที่ทำเองจัดเองทำให้เราได้ศึกษาวิธีการว่า พันธุ์ต่างๆนอกจากจะทำให้มีปริมาณมากขึ้นแล้ว คุณภาพที่จะเหมาะสมในแต่ละแห่งจะทำอย่างไร เพราะถ้าเราทำเองจะทราบว่าตรงไหนต้องทำอย่างไร เป็นความรู้ของพวกเราทุกคนด้วย”