วันจันทร์ที่ 4 กันยายน 2560 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทอดพระเนตรความก้าวหน้าการดำเนินงานของศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดสระบุรี ในปีพุทธศักราช 2552 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ มูลนิธิชัยพัฒนา ก่อตั้งศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดเชียงรายขึ้น เพื่อผลิตเมล็ดพันธุ์ผักพื้นบ้านสำหรับพระราชทานแก่ราษฎรที่ประสบภัยพิบัติต่อมาเมื่อวันที่ 25 กรกฎาคม 2554 ได้ทรงมีกระแสรับสั่งกับนายสุเมธ ตันติเวชกุล เลขาธิการมูลนิธิชัยพัฒนา ให้มูลนิธิชัยพัฒนาดำเนินการผลิตพันธุ์พืชไร่ เพื่อพระราชทานราษฎรที่ประสบภัยพิบัติ สำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนา จึงได้จัดตั้งศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดสระบุรี ขึ้นบนที่ดินของมูลนิธิชัยพัฒนา ตำบลเขาดินพัฒนา อำเภอเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสระบุรี ในเดือนสิงหาคม 2554 ได้ปรับพื้นที่ประมาณ 100 ไร่ เพื่อปลูกถั่วเขียวผิวมัน พันธุ์กำแพงแสน 2 และพันธุ์ชัยนาท ในปีต่อมา ได้เริ่มผลิตเมล็ดพันธุ์ถั่วเขียว มะละกอ ฟักทอง และผักพื้นบ้าน อาทิ บวบ ฟักแฟง น้ำเต้า พริก กระเจี๊ยบเขียว มะเขือ แคบ้านดอกขาว และทดสอบความเสถียรของเมล็ดพันธุ์ข้าวโพดเทียนหวานอีกด้วย
ในปี 2555 ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดสระบุรี ผลิตพันธุ์ข้าวเพื่อพระราชทานแก่ราษฎรที่ประสบภัย เช่น ราษฎรที่ประสบอุทกภัย หรือราษฎรที่ประสบภัยแล้ง โดยได้พระราชทานพระราชานุญาตให้เกษตรกรในตำบลพุคา และตำบลหนองทรายขาว อำเภอบ้านหมี่ จังหวัดลพบุรี เข้าร่วมผลิตเมล็ดพันธุ์ข้าว ในโครงการผลิตเมล็ดพันธุ์พระราชทาน ‘เพื่อนช่วยเพื่อน’ ของมูลนิธิชัยพัฒนา ในเวลาที่ผ่านมา ได้พระราชทานพันธุ์ข้าวของมูลนิธิชัยพัฒนานี้ แก่ราษฎรไปแล้วหลายจังหวัด อาทิ จังหวัดสมุทรสงคราม สุโขทัย พระนครศรีอยุธยา ชัยนาท เชียงราย นครนายก พัทลุง สงขลา ยะลา และนราธิวาส มูลนิธิชัยพัฒนา ยังได้ร่วมมือกับมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และมหาวิทยาลัยแม่โจ้ ทำงานวิจัยปรับปรุงและพัฒนาพันธุ์พืชดังนี้ ร่วมกับมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ในการพัฒนาพันธุ์ฟักทองลูกผสมกับพันธุ์พื้นเมืองของสระบุรี เพื่อเป็นเมล็ดพันธุ์พระราชทานในอนาคต คณะอาจารย์มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ยังได้พัฒนาพันธุ์มะละกอ โดยคัดพันธุ์ดี ได้ 2 สายพันธุ์ สายพันธุ์แรก จะมีเนื้อสีแดงอมส้ม รสชาติหวาน กลิ่นหอมอ่อนๆ เนื้อแน่นละเอียด มีขนาดผลประมาณ 1.5 กิโลกรัม และอีกสายพันธุ์จะมีขนาดผลประมาณ 1 กิโลกรัม ขณะนี้กำลังประเมินและคัดพันธุ์รอบที่ 4 เพื่อให้พันธุ์มีความสม่ำเสมอ ก่อนจะเสนอขึ้นทะเบียนพันธุ์ใหม่ต่อไป ภาควิชาพืชสวน คณะเกษตรกำแพงแสน มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน จังหวัดนครปฐม จะผลิตเมล็ดพันธุ์มะละกอสายพันธุ์ที่คัดเลือกได้ เพื่อเป็นเมล็ดพันธุ์พระราชทาน โดยจะส่งมอบให้ศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ นำไปทดสอบการงอกเพื่อควบคุมคุณภาพของเมล็ดพันธุ์ อย่างต่อเนื่อง ก่อนที่จะพระราชทานแก่ราษฎรต่อไป และได้ทำโครงการพัฒนาและทดสอบสายพันธุ์ถั่วเขียว KUML8 ที่มีขนาดเมล็ดโต และมีความทนทานต่อสภาพน้ำท่วมขัง และสภาพแล้ง ของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ร่วมกับถั่วเขียวพันธุ์มาตรฐาน 2 พันธุ์ คือ กำแพงแสน 2 และ ชัยนาท 84-1 และสายพันธุ์ดีเด่น อื่นๆ อีก 2 สายพันธุ์ ผลการทดสอบพบว่า ถั่วเขียวสายพันธุ์ KUML8 เหมาะสำหรับปลูกในฤดูแล้ง มีขนาดเมล็ดใหญ่กว่าและให้ผลผลิตมากกว่าพันธุ์กำแพงแสน 2 และชัยนาท 84-1 ซึ่งเป็นพันธุ์มาตรฐาน และมีระยะเวลาการสุกแก่สม่ำเสมออีกด้วย ทั้งนี้ โครงการจะนำสายพันธุ์ KUML8 ไปทดสอบในแปลงเกษตรกรต่อไป มูลนิธิชัยพัฒนา ยังได้ร่วมกับมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ทำงานวิจัยพันธุ์ไม้ผลบรรพบุรุษ หรือ Heirloom Fruit Trees (heirloom อ่านว่า แอ-ลูม) ในพื้นที่โครงการพัฒนาที่ดินส่วนพระองค์ บ้านวังรี จังหวัดนครนายก เนื่องจากพื้นที่ดังกล่าว ปกคลุมไปด้วยพืชป่าและพืชปลูกเก่าแก่จำนวนมาก มีไม้ผลหลายชนิดที่มีอายุกว่า 50 ปี จัดว่าเป็น ไม้ผลบรรพบุรุษ (heirloom fruit tree) ซึ่งอาจจะเป็นพันธุ์ที่หาได้ยาก ในปัจจุบัน จึงได้เริ่มศึกษาการเก็บรักษาเมล็ดพันธุ์ไม้ผลเก่าแก่ในพื้นที่ โดยเลือกศึกษาไม้ผลที่มีอายุมากกว่า 50 ปี 5 ชนิด คือ มะตูม มะเฟือง มะปราง มะพูด และพุทราป่า เนื่องจากไม่มีข้อมูลเกี่ยวกับพันธุ์ของไม้ผลเก่าแก่เหล่านี้ จึงจะศึกษาโดยเปรียบเทียบลักษณะ และใช้ข้อมูลลำดับดีเอ็นเอ เพื่อศึกษาหาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมระหว่างไม้ผลบรรพบุรุษกับพันธุ์ต่างๆ ของไม้ผลชนิดเดียวกัน เพื่อให้พอทราบว่าอยู่ในกลุ่มพันธุ์ใด เพื่อการนำไปใช้ประโยชน์ต่อไป
นอกจากนี้ ศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริยังร่วมกับมหาวิทยาลัยแม่โจ้ ทำงานวิจัยอีก 2 โครงการ คือ การคัดเลือกไรโซเบียมในท้องถิ่นร่วมกับการทดสอบประสิทธิภาพการตรึงไนโตรเจนของพันธุ์ถั่วเขียว โดยคัดเลือกเชื้อไรโซเบียมในพื้นที่ของศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดสระบุรี มาทดสอบประสิทธิภาพการตรึงไนโตรเจนร่วมกับถั่วเขียว 3 พันธุ์ คือ CKPเบอร์1 ชัยนาท72 และกําแพงแสน 2 จนได้เชื้อไรโซเบียม 3 สายพันธุ์ที่มีประสิทธิภาพ สามารถตรึงไนโตรเจนร่วมกับถั่วเขียว จากนั้นได้นำไรโซเบียมทั้ง 3 สายพันธุ์ มาทดสอบประสิทธิภาพการตรึงไนโตรเจนในโรงเรือนควบคุมอุณหภูมิและควบคุมสภาพแวดล้อม ได้ผลการทดลองว่า เชื้อไรโซเบียมสายพันธุ์ที่สอง สามารถทํางานร่วมกันกับถั่วเขียวได้ทุกสายพันธุ์ สามารถตรึงไนโตรเจนจากอากาศได้สูงที่สุดในระยะที่ต้นถั่วเริ่มติดฝัก และระยะเริ่มเก็บเกี่ยวผลผลิต จากนั้น ได้นำเชื้อไรโซเบียมสายพันธุ์ที่ 2 นี้ มาทดสอบประสิทธิภาพกับถั่วเขียว 3 สายพันธุ์ คือ CKPเบอร์1 ชัยนาท72 และกําแพงแสน2 พบว่า ปริมาณผลผลิตของถั่วเขียวพันธุ์ CKPเบอร์1 ให้ผลผลิตต่อไร่สูงที่สุด และมีปริมาณโปรตีนและธาตุที่สำคัญสะสมในเมล็ดของถั่วเขียวพันธุ์ CKPเบอร์ 1 สูงที่สุด ซึ่งถั่วเขียวพันธุ์ CKP เป็นถั่วเขียวที่เป็นงานพัฒนาพันธุ์ร่วมกับของมหาวิทยาลัยแม่โจ้ และศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ และยังมีงานวิจัยร่วมกับมหาวิทยาลัยแม่โจ้ในการปรับปรุงพันธุ์มะม่วงและฝรั่ง โดยประเมินและคัดเลือกสายพันธุ์มะม่วง 280 สายพันธุ์ที่รวบรวมไว้ ณ ศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ จังหวัดสระบุรี เพื่อพัฒนาสายพันธุ์ใหม่ที่มีคุณค่าทางเศรษฐกิจในอนาคต ส่วนการปรับปรุงพันธุ์ฝรั่งนั้น เป็นการพัฒนาพันธุ์เพื่อให้ได้ฝรั่งสีม่วง รสชาติอร่อย เหมาะสำหรับเป็นพันธุ์รับประทานผลสด
นอกจากนี้ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ยังได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้มูลนิธิชัยพัฒนา ดำเนินงานโครงการ ‘รวมกันสู้ อยู่อย่างพร้อม’ เพื่อเตรียมการตั้งรับอุทกภัยให้แก่ชุมชนที่ประสบภัย โดยทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ศูนย์พัฒนาพันธุ์พืชจักรพันธ์เพ็ญศิริ เป็นผู้ดำเนินโครงการนำร่องที่ตำบลพุคา อำเภอบ้านหมี่ จังหวัดลพบุรี โดยทำงานร่วมกับองค์การบริหารส่วนตำบลพุคา และกำนันตำบลพุคาหลักการของโครงการ ‘รวมกันสู้ อยู่อย่างพร้อม’ คือจะสร้างชุมชนให้เข้มแข็ง จัดหาพื้นที่อพยพให้แก่ผู้ประสบภัยในชุมชน เตรียมเสบียงอาหารและน้ำดื่ม เพื่อให้ราษฎรพร้อมรับสถานการณ์อุทกภัยที่อาจเกิดขึ้นได้ นอกจากนี้ มูลนิธิชัยพัฒนายังได้จัดเตรียมเครื่องจักรเพื่อช่วยเหลือผู้ประสบภัยและฟื้นฟูพื้นที่ประสบภัย เตรียมพร้อมรับสถานการณ์ที่อาจเกิดขึ้นกับราษฎร เมื่อเดือนกรกฎาคมที่ผ่านมา เกิดอุทกภัยในตำบลหนองทรายขาว อำเภอบ้านหมี่ จังหวัดลพบุรี ที่เป็นพื้นที่ผลิตเมล็ดพันธุ์ข้าว ในโครงการผลิตเมล็ดพันธุ์พระราชทาน ‘เพื่อนช่วยเพื่อน’ ของมูลนิธิชัยพัฒนา สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้มูลนิธิชัยพัฒนาส่งเครื่องสูบน้ำเข้าช่วยเหลือ สามารถรักษาหมู่บ้านบ้านคลอง และพื้นที่นารอดพ้นจากน้ำท่วมพื้นที่ประมาณ 2,000 ไร่ ราษฎรสามารถเก็บเกี่ยวข้าวได้ทั้งหมด ในวันนี้ สำนักสารสนเทศของมูลนิธิชัยพัฒนา ร่วมกับสำนักงานพัฒนาเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ (องค์การมหาชน) ได้กราบบังคมทูลการประมวลข้อมูลและภาพดาวเทียมเกี่ยวกับผลที่ราษฎรได้รับจากการพระราชทานความช่วยเหลือในครั้งนี้ด้วย มูลนิธิชัยพัฒนา ได้ดำเนินงานสนองพระราชดำริของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ในการผลิตพันธุ์พืชอาหารที่มีความจำเป็นต่อการดำรงชีพในชีวิตประจำวันที่มีคุณภาพดี รวบรวมและสะสมเพื่อให้เกษตรกรมีพันธุ์พืชที่ดี แม้ไม่ใช่พันธุ์ที่ดีที่สุดในเชิงเศรษฐกิจ แต่จะเป็นพันธุ์ดีเพียงพอที่สามารถสร้างผลผลิตที่มีคุณภาพ สร้างความแข็งแรงมั่นคงให้เกิดขึ้นแก่ตนเองและครอบครัวได้ อย่างยั่งยืน ดังพระราชดำรัสที่รับสั่ง ณ วังสระปทุม เมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม 2552 ความว่า“ปัจจัยสำคัญของการเกษตร นอกจากจะเป็นเรื่องน้ำและดินแล้ว การมีพันธุ์พืชที่ดีให้เกษตรกรปลูก เป็นเรื่องที่สำคัญมาก อีกอย่างหนึ่งก็คือ การที่ทำเอง จัดเอง ทำให้เราได้ศึกษาวิธีการว่า พันธุ์ต่างๆ นอกจากจะทำให้มีปริมาณมากขึ้นแล้ว คุณภาพที่จะเหมาะสมในแต่ละแห่งจะทำอย่างไร เพราะถ้าเราทำเอง จะทราบว่าตรงไหนต้องทำอย่างไร เป็นความรู้ของพวกเราทุกคนด้วย”