วันที่ 16 พฤศจิกายน 2552 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดและเข้าร่วมประชุมวิชาการนานาชาติด้านพันธุกรรมข้าว ครั้งที่ 6 (The 6th international Rice Genetics Symposium) จัดขึ้นที่โรงแรมมะนิลา และในตอนค่ำ ประธานาธิบดีแห่งสาธารณรัฐฟิลิปปินส์ถวายเลี้ยง ณ ทำเนียบมาลากันยัง
วันที่ 17 พฤศจิกายน 2552 คณะวนศาสตร์และทรัพยากรธรรมชาติ มหาวิทยาลัยฟิลิปปินส์ถวายปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขากฎหมาย ณ มหาวิทยาลัยฟิลิปปนส์ วิทยาเขตเมืองลอส บาโยส
จากนั้นเสด็จไปยังสถาบันวิจัยข้าวนานาชาติ ทรงเปิดนิทรรศการฉลองการสถาปนาสถาบันวิจัยข้าวนานาชาติครบรอบ 50 ปี ทอดพระเนตรห้องทดลองกระบวนการผลิตเมล็ดพันธุ์ห้องทดลองประเมินคุณภาพ ห้องวิจัยแร่ธาตุ เสด็จฯโรงเพาะปลูกพันธุ์ข้าวของสถาบัน ทอดพระเนตรแปลงทดลองเพาะพันธุ์ข้าวในเรือนกระจก สถาบันวิจัยข้าวนานาชาติ (International Rice Research Institute : IRRI) เป็นองค์กรอิสระไม่หวังผลกำไร ก่อตั้งเมื่อปี 2503 มีภาระกิจในการค้นคว้าวิจัยและค้นคว้าเกี่ยวกับพันธุกรรมข้าว มีวัตถุประสงค์หลักเพื่อค้นหาแนวทางในการปรับปรุงความเป็นอยู่ของชาวนาและ ผู้บริโภคข้าวที่ยากจนต่อ มา เสด็จพระราชดำเนินสถาบันวิจัยข้าวฟิลิปปินส์ ลอส บาโยส ซึ่งมีฐานะเป็นรัฐวิสาหกิจภายใต้การกำกับของกระทรวงเกษตรฟิลิปปินส์ มีเป้าหมายสำคัญในการพัฒนาให้ฟิลิปปินส์มีขีดความสามารถในการพึ่งพาตนเองใน เรื่องข้าวได้ ทอดพระเนตรห้องทดลองคุณภาพเมล็ดพันธุ์ การปลูกข้าทดลองในสภาพแวดล้อมต่างๆ ทอดพระเนตรการเก็บเมล็ดพันธุ์ข้าวและกระบวนการคัดเมล็ดพันธุ์ข้าว
จากนั้นเสด็จพระราชดำเนินศูนย์อาเซียนว่าด้วยความหลายหลากทางชีวภาพ (ASEAN center for Biodiversity) เป็น ศูนย์ที่ส่งเสริมการอนุรักษ์ความหลากหลายทางชีวภาพ เพื่อช่วยประเทศสมาชิกอาเซียนในการสร้างกรอบการดำเนินงาน วิธีการดำเนินงานและการบริหารจัดการเชิงสถาบันและด้านเทคนิคผ่านความร่วมมือ ระดับภูมิภาคเกี่ยวกับการอนุรักษ์ความหลากหลายทางชีวภาพ
เสด็จพระราชดำเนินทรงเยี่ยมศูนย์ศึกษากระบือ ฟิลิปปินส์ ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.2536 มีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นสถาบันวิจัยและพัฒนาด้านกระบือน้ำ (water buffalo) มีภารกิจในการอนุรักษ์และส่งเสริมกระบือนม เนื้อ และแรงงานในการทำการเกษตร มีเป้าหมายสำคัญได้แก่ การเพิ่มจำนวนกระบือและผลผลิตจากกระบือ เพื่อความเป็นอยู่ที่ดีขึ้นของชาวนาต่อ มา เสด็จพระราชดำเนินสถาบันวิจัยข้าวฟิลิปปินส์ ลอส บาโยส ซึ่งมีฐานะเป็นรัฐวิสาหกิจภายใต้การกำกับของกระทรวงเกษตรฟิลิปปินส์ มีเป้าหมายสำคัญในการพัฒนาให้ฟิลิปปินส์มีขีดความสามารถในการพึ่งพาตนเองใน เรื่องข้าวได้ ทอดพระเนตรห้องทดลองคุณภาพเมล็ดพันธุ์ การปลูกข้าทดลองในสภาพแวดล้อมต่างๆ ทอดพระเนตรการเก็บเมล็ดพันธุ์ข้าวและกระบวนการคัดเมล็ดพันธุ์ข้าว
วันที่ 18 พฤศจิกายน 2552 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้ คณบดีคณะเวชศาสตร์เขตร้อนนำอดีตนักศึกษาคณะเวชศาสตร์เขตร้อนชาวฟิลิปปินส์ ก่อนเสด็จนิวัตประเทศไทย